14世纪中叶开始，倭寇对我国沿海进行骚扰抢劫，无恶不作。其活动季节多在每年清明节后的三、四、五月和重阳节后的九、十月，其时有季风，自日本出发，可达宁波、台州沿海。这一地区物产丰饶，农业之外，尚有鱼盐之利，受害尤为严重。《台州府志》记载：明英宗正统四年（1439），五月倭破台州桃渚……倭入桃渚大嵩、官庚民舍焚劫，驱掠少壮，发掘冢墓。束婴孩竿上，沃以沸汤，视其啼号，拍手笑乐。得孕妇，卜度男女，刳视中否为胜负饮酒，积骸如陵。其惨酷之程度，令人发指。

明嘉靖年间，倭寇骚扰加剧。时明军腐败无能，倭寇所至抢掠，很少遭到抵抗。甚至占内地为巢穴，据而骚扰各地。沿海一带，民不聊生。

明嘉靖三十四年（1555）秋，戚继光从山东海上备倭任上调任浙江部司佥书、司屯局事。次年，改任宁、绍、台参将，镇守自杭州湾南岸至乐清湾一带沿海及三府所辖地区。

嘉靖三十八年春夏之交，攻掠台州的倭寇，以栅浦、桃渚、海游等地为巢穴，一府六县，警报不绝。五月，戚继光和谭纶迅速领兵南驰，援救台州。五月二十三日解桃渚围，明军内外夹击，倭寇全线崩溃，部分倭寇被歼灭于黄礁山（今黄礁）。

桃渚解围之后不久，戚继光率军到海门和谭纶会师之际，顷接谍报，有三千倭寇自贾子（今葭沚）、栅浦方面窜来，准备袭击海门。因戚军征途劳累，需暂时休整，戚继光将守城的任务暂交海门守军。六月六日夜半，数百名偷袭之倭寇爬上城墙。戚继光闻警后立即上马，挥剑出营，谭纶也亲率卫士督战。经过激烈战斗，倭寇全数歼灭。

六月十五日，连日阴雨放晴后，戚继光分兵三路，拦截南逃出海倭寇于新河。三路夹攻，放火烧毁倭寇双桅大船32艘，烧死溺死倭寇1000多人。

次日，戚继光与谭纶乘胜追击，又于太平（温岭）南湾包围大股倭寇，于六月二十一日全歼。

（缺图戚继光抗倭之钟楼）

同年，明廷以宁绍台海岸线过长，调整防务，新设台（州）金（华）严（州）参将，屯驻海门卫，首任参将即为戚继光。戚继光以旧兵素质太差，在谭纶的支持下，取得了胡宗宪的同意，到义乌招收矿工三千人，带回海门进行训练，教以适应南方水田地区作战的鸳鸯阵，并建立水师。鸳鸯阵是以充分发挥长兵器的优势，长短兵器互相配合的阵法。水师则配备大小船只，便于海上灵活机动作战。这支军队即是有名的抗倭骨干——戚家军。

戚继光在椒期间对防守明军进行整顿，严纪律、明号令。建立完整的报警烽火台系统，以边防报警为抗倭第一要务，并订立烽堠守卫条令。次及防倭守城，部署守城之法，配合报警，以逸待劳。

戚继光还对军械进行了改造，以生牛皮、丝绵制成“刚柔牌”，可在四五十步以外遮挡铅子。又以铁蒺藜染毒为“鬼箭”，以作阻路守险。又有“夜伏耕戈”，为弩机箭染毒，置于倭寇经过路上，触之即发，使倭寇防不胜防。又对火器进行改造，结合法郎机、鸟铳制成“赛贡铳”，发明了能连发射击的“连子铳”。又用布画作城形，称为“布城”，在鸳鸯阵中使用，野外遇敌，起到城外城的作用。

在桃渚城上新建敌台，既可置守兵，又便于贮藏药械，眺远嘹望，加强城防力量。还对府城、健跳等城也作了维修，建立敌台。以后戚继光在北方守边时，在万里长城上也建造了敌台，这就是从台州抗倭时得出的经验。

嘉靖四十年四、五月间，倭寇一二万人，乘数百艘船，侵犯浙江沿海。戚继光及时在海门、台州府城两地配备兵力，并派水师至宁海外洋伏击，亲率主力直趋宁海进剿。

五月九日，倭寇攻新河，城中守备森严，久攻不下，当夜冒雨撤退，明军乘胜追击，大败倭寇。骚扰宁海的倭寇得知戚继光亲来进剿而逃遁。桃渚的倭寇趁机直扑临海城东花街，妄图偷袭尚在修城的府城。情况异常危急。十日拂晓，戚继光率军翻越桐岩岭疾驰府城，中午抵达城下，未及进餐，立即作好迎战准备。列阵至花街时，适与倭寇相遇，戚家军猛冲猛打，倭寇溃不成军。此役共斩首308级，生擒倭酋2人，其余全部淹死江中。还救出被掳男女5000多人。

三天后，在健跳圻头登岸的另一支倭寇2000多人自烧其船，并企图进犯府城。十四日到达大田。此时，戚继光身边仅有1500人，立即部署在大田设伏，适逢大雨，双方对峙三天后，倭寇经白水洋上峰岭，图转道仙居入处州。戚继光于岭上设伏，发起战斗，全歼进犯之倭寇。台州百姓出城20里欢迎慰劳。

白水洋大捷之后，戚家军又在洋坑、长昂洋、沙镬洋、仰月沙、悬山、小藤岭、大藤岭等地大败倭寇。

五月底，大批倭寇结集在太平大闾附近的长沙，意图攻打隘顽所。戚继光调派松门卫水军渡海入隘顽所坚守，亲率戚家军从陆路进发。六月一日夜，戚家军疾奔至长沙，分兵三路，猛攻倭寇。倭寇四处逃窜，戚家军烧毁倭船，全歼倭寇于长沙滩头。另有300多名倭寇逃至海上，也被水军全数歼灭。此役斩首数百级，生擒倭酋五郎、如郎、健如郎等数十人。

倭寇遭受歼灭性打击以后，慑于戚继光的威名，遂不敢再大举进犯台州沿海。

在椒江时期，戚继光总结在台州抗倭经验，写成重要的军事著作——《纪效新书》。

嘉靖四十一年五月，戚继光率师援温入闽，四十五年，在讨平盘踞在广东南澳岛上的山贼吴平以后，基本上平定了这一持续二百多年的倭寇之乱。