基督教也称“耶稣教”，通常指“新教”各派系。清光绪十一年（1885），循道公会最早传入我县。以后陆续有圣公会、自立会、安息日会、内地会等教派。

循道公会 属基督教（新教）卫理斯宗，初为偕我会。清光绪十一年自乐清传至县城。二十二年，玉环县基督教偕我会成立。宣统六年（1909）改为圣道公会，分设玉城、坎门、陈屿、楚门4牧区。民国23年（1934）改名“循道公会”后，教徒渐增。至解放前夕，后土交、大麦屿、沙山塘等17个分会均设聚会点。1957年受令停会后，各堂点转入秘密活动。1982年渐次恢复。

圣公会 全称“基督教圣公会”。民国2年由温岭传入芳杜。5年，建焦西教堂。1957年后，教堂被占用、拆除。1987年购茶头民房聚会，恢复活动。

自立会 原属圣道公会。民国14年成立玉环县中华基督教自立会。8月，里岙分会成立。至23年，支会组织扩至三合潭、水孔口、仰天湖等地。坎门和花岩礁教堂，也各于民国36年和1951年建成。1957年后，各堂点被占用或变卖。1986年后，除坎门外，渐次恢复。

安息日会 基督教（新教）基督复临派和安息日派的联合组织，也称“基督复临安息日会”。民国17年，郑氏姐弟自乐清来楚门行医传教。19年组成浙南区会玉（环）、乐（清）分教区。至22年，设有楚门、坎门分会和玉城支会。抗战期间，楚门聚点搬迁。后购北门当铺为教堂，1952年改作粮仓。其余各堂点于1957年停会。1973年，楚门片以田马东西村作点，1988年建成马山教堂，各地相继复会。

内地会 全称“基督教内地会”。民国19年自温岭传入干江盐盘，后桐岭、楚门等地也相继建聚会点。29年楚门南大街教堂建成，信众扩至芦浦塘岩。1950年，美国女传教士步之美和毕美丽在楚门讲授《福音进阶书》。1957年后，各聚点相继闭会。

1974年塘岩教堂被拆除，1986年重建时，各堂点已恢复活动。

基督教奉耶稣基督为“救主”。县内信众及堂点按教派分布，实行自治、自养、自传道。一般以星期日在礼拜堂或聚会点集中作祷告、听道或唱赞美诗。解放后，成立温（岭）玉（环）联区会。50年代初，各堂点除被征用者外，均继续活动，1957年停会。

1983年，玉环县基督教三自爱国运动筹备会成立。至1984年，有礼拜堂和聚会点45处，教徒1.5万多人。1987年9月，玉环县基督教三自爱国运动委员会和玉环县基督教协会成立，下设区片三自组、礼拜堂、聚会点和管理委员会（或组），教务活动开始纳入正规。

主要教堂

县城总教堂 位于城关南山脚，属基督教循道公会。民国17年建于县府南墙外，22年扩建圣殿。1957年停会后，屡被占用。1987年拆迁建于现址。现为玉环县基督教三自爱国运动委员会和玉环县基督教协会住地。

塘岩教堂 位于芦浦乡塘岩村。属基督教内地会。1949年建造。1958年停会，1974年被拆除。1986年重建。

花岩礁教堂 位于双龙乡花岩礁村。属基督教自立会。1951年建造。1957年停止活动，1958年被变卖。1986年重建。