1949年10月，台州公立医院改浙江省台州医院，隶属专署卫生局。1950年，各县卫生院改县人民政府卫生院，并确立为县综合性医院，1956年改称为县人民医院。至1990年，台州地区有县市级综合医院12个；卫生技术人员2761人，其中副主任医师（药师、技师、护师）131人，病床2809张，门诊2706146人次，住院75627人次，住院治愈率64.96％，好转率28.37％，病死率1.03％。1952年起，各县相继建立区卫生所，1958年改人民公社卫生院，1961年改区卫生院，到1990年区卫生院48个，卫生技术人员1976人，病床1594张，年门诊3129471人次，住院53522人次，住院治愈率70.45％，好转率27.1％，病死率0.24％。

城镇改革 1991年，台州地区卫生局对现行100多项医疗收费标准进行测算和调整。台州医院和仙居、温岭、椒江县级医院实行优质服务，台州医院还推行厂矿医疗保健制度改革尝试。温岭市第一人民医院、椒江市人民医院，经省卫生厅考核评审，分别达到二级和一级甲类医院。1992年，7家医院和4家中医院达到一级医院，其中一级甲类5家、一级乙类6家。同年，有三级乙类、二级医院各1家，一级甲类8家，一级乙类6家。通过“创文明、上等级”活动，全地区有“文明医院”和“双达标”医院11家。各县市撤区扩镇并乡改革，区卫生院机构设置调整为中心卫生院或晋升县级医院。

1993年，各级医疗机构拓宽卫生筹资渠道，采取集资付息或股份形式筹措资金，购买所需大型医疗仪器设备，建立多功能、高档次、远辐射医疗联合体。医疗单位开展点名手术、专家门诊、高档病房、特需护理、医学整容等特需服务项目。至1995年，市内医院与上海、杭州等大医院或专科医院，联办医疗联合体8家。1996年11月，制定以医疗收费为主的“总量控制，结构调整”改革方案。次年，遏制医药费过快增长，全市医疗费总收入增长幅度比上年下降19.77％，药品收入增长幅度下降21.97％，均控制在省规定指标之内。对温岭、路桥出现的股份制和民营医院状况，进行调查研究和正确引导。

1998年6月，市委、市政府召开全市卫生工作会议，确定卫生工作主要目标。从1999年起，市财政每年安排50万元专项资金，用于市级重点卫生学科建设，并且逐年有所增加。次年，仙居、天台进行卫生资源重新调整和合理应用；台州医院加强内部综合改革，精减科室和工作人员；黄岩区中医院、仙居县人民医院、三门县人民医院实行全员聘任制；黄岩区第一人民医院推行后勤社会化服务。12月，市政府同意新建以三级甲等综合性医院为发展目标的台州市中心医院，总投资2.5亿元，规划床位800张，分两期实施；并运用股份合作制方式组建，由市基础设施投资有限公司参与并控股。医院建立以董事会领导下的院长负责制，实行独立核算、自主经营、自负盈亏。医院享有由股东投资形成全部法人财产，依法享有民事权利，承担民事责任。

2000年10月，撤销市卫生防疫站，成立市卫生监督所和市疾病预防控制中心。市中心医院22人通过竞争走上中层干部岗位，椒江区人民医院实行院长竞聘上岗，台州医院实行分配和绩效奖惩制度。椒江、黄岩、仙居、玉环、天台县级医疗单位，进行药品联合招标，降低71种药品零售价，招标药品差价利润100％让利于患者。2001年，全市大多数医疗机构完成分类核定工作。各县（市、区）卫生监督和防保体制改革全面完成，走在全省前列。同年，由台州医院倡导并组建台州医院联合体，成员单位有台州医院、台州市立医院、台州市第一人民医院、路桥区第一人民医院、玉环县人民医院、仙居县人民医院、三门县人民医院。联合体医院之间以优势互补、资源共享、技术支持和联网互动为纽带，推出“一卡通诊通治、检查结果互认”惠民举措。2002年，黄岩制订人事分配制度改革方案，临海制定领导任职年龄界限，台州医院对新晋升职称、新录用和新提拔人员实行试聘。台州市立医院与东山卫生院联合办医。股份制和民营医院发展加快，形成股份合作制、联合办医等多种模式。全市有具专科特色股份制医院15家，总投资5亿元，业务收入近2亿元。

2003年1月，台州市长办公会议讨论通过台州医院与路桥区第一人民医院体制重组方案。次年1月，台州医院路桥院区正式挂牌成立，在全省率先国有医疗体制改革和医疗资源重组。全市县级及县级以上医疗单位，全部实行药品集中招标采购，药品集中招标品种6968种；台州医院改进职工年度聘任方式，按照“院部聘任资格、科室聘任岗位”办法，分医生、护理、技术、行政、工程五大系列进行职工年度聘任，组织全院职工开展岗位分析和定岗定级。同年，开展医院等级评审。2005年2月，台州医院被授予三级甲等综合性医院，温岭市第一人民医院通过三级乙等医院复评，台州市中心医院、台州市第一人民医院、台州市立医院新评为三级乙等医院。同年4月，市120指挥中心正式运行。

2005年，全市开展二级综合性医院和中医院、妇保院等级医院创建工作，有7家综合性医院和6家中医院被评为二级甲等医院，5家综合性医院和1家妇保院被评为二级乙等医院。台州医院首次对大中专毕业生录用实行院内聘用或人才派遣模式，探索用工新机制；同时开始明确和规范导入并推行sixsigma、全面质量管理、群策群力、目标计划管理四大科学管理工具，医院管理更趋科学。县以上医疗机构中层干部竞争上岗，新进人员实行聘用制。三门县公开竞聘4位乡镇卫生院院长、副院长，县人民医院对4位医务人员实行低职高聘。

2006年，分级分类引导各级医疗机构开展等级医院评审，2家医院接受省卫生厅组织等级医院评审，5家专科医院通过市等级医院专家组评审，组织开展5家二级乙等综合性医院“回头看”活动。台州医院与45位2005年入院新员工签订派遣制协议，成为台州首家“人才派遣”医疗单位；同时尝试院领导片区负责制，由6位副院长分别担任内科、外科、医技、行政、后勤以及路桥院区院长，实行管理前移。

农村改革 1951年起，各县组建集体所有制乡镇卫生院。1956年，台州地区有乡镇卫生院207个。1976年有公社卫生院、所355个，病床521张。1984年前后复称乡镇卫生院，至1990年有乡镇卫生院342个，卫生技术人员2282人，病床1173张，年门诊8314197人次。

1952年开始培训农村卫生员、接生员，1954年开始建立村保健室，1962年改称医疗站，1968年开始试行农村合作医疗制度，村保健员称赤脚医生。1976年，共有生产大队合作医疗站4310个，占大队总数82％，赤脚医生10015人，平均每个大队1.9人。1979年，90％以上大队实行合作医疗。1981年，对赤脚医生进行重新考核，合格者发证称乡村医生，未合格称村卫生员。乡村医生和卫生员3130人，其中乡村医生1321人。至1990年，建有村卫生室2355个，占行政村总数42.1％；有集体办、集体与个体联合办、个体办3种办医形式，个体办者占87.3％。全地区各工矿及其他各类医务室（所）270个，卫生技术人员473人，病床59张。

1991年，地区和8个县（市）政府，成立初级卫生保健委员会，确定仙居、温岭为“初保”示范试点县，29个乡镇为试点乡。台州卫生局组织所属8个单位，与8个县（市）建立联系点制度，派出工作队下乡指导16批、67人次；12个县市级以上医院，派出医疗队下乡109批、586人次，抢救危重病患144例，培训基层人员34人，开展学术讲座48人次。仙居在全省21个试点县中进入前4名，为“初保”基本达标县。1994年，仙居、温岭通过“初保”审评。1996年4月，椒江、黄岩、路桥、玉环、临海、天台、三门，均通过“中国2000年人人享有卫生保健规划目标”普及阶段目标评审。全市9县（市、区）比原定计划提前两年完成“初保”达标任务。全市村卫生室2781个，覆盖率95.43％，其中甲级1361个，占68.56％。路桥、天台、临海、玉环有18所乡镇卫生院改扩、新建4.1万平方米，总投资3705万元。路桥75％乡镇卫生院达到市提出卫生院建设的最低标准，温岭卫生局每年拨出专项经费20万元，用于乡镇卫生院补助。年底，全市有等级卫生院57个，其中二级卫生院35个、三级卫生院22个，占乡镇卫生院32％。1997年，各县实现乡镇“初保”达标40个，完成乡镇卫生院总建筑面积24265平方米，投入资金2047万元，有106个乡镇卫生院达到等级标准，占乡镇卫生院59.22％。合作医疗受益人口占农村总人口8％，路桥区率先开展农村合作医疗试点。玉环对贫困村实施医疗扶贫，天台建立特困卡制度，黄岩成立个体医卫生扶贫理事会，仙居实施晋升中、高级卫技职务之前下乡帮扶。2000年，玉环一些集体医疗机构公开招标经营权，三门乡镇卫生院全面推行租赁制经营，天台实施农村卫生院合作经营责任制，椒江对乡镇、街道卫生院防保工作实行垂直管理，温岭创建“合格防保科”活动，路桥、黄岩在乡镇卫生院建立防保所。2003年，开展农村居民住院医疗保障制度试点工作，列为市政府为民办10件实事之一。以县（市、区）为单位统一筹资，统一管理。市财政对自愿参保者年补助5元，路桥区和全市16个试点乡镇启动农村医保制度，应参保85万人，实际参保75.87万人。试点地区农民受益1126人，理赔金额184.5万元，最高3万元。全市城乡社区卫生机构576个，覆盖350万人，覆盖率63％，创建省级示范点3个，市级示范点23个。2005年，全市有388.42万农民参加农村合作医疗，参保率82％。

2004年，全市农村居民住院医疗保障制度全面推开，参保363万人，参保率80％，其中路桥区93％。全市实际完成理赔18007件，农民报销住院费2806万元，最高补偿3万元。同年，全市有32家乡镇卫生院或分院实行托管、承包、租赁、兼并，改造为社区卫生服务机构和产权整体出让改革，共建立城乡社区卫生服务中心120家，设立社区卫生服务站583个，覆盖人口391万。

2005年9月，市委、市政府在黄岩宁溪镇召开黄岩西部山区发展现场会，决定在西部“六乡一镇”率先推行“驻村医生制度”，11月25日至12月26日，诊疗服务3000余人次，免费为60岁以上农村医保老人体检2911人，并建立健康档案。同年，全市城乡社区卫生服务覆盖率71％，有388.42万农民参加新型农村合作医疗，参保率82.03％，其中省试点县路桥区参保率96.2％。全年应筹集资金1.92亿元，到位1.38亿元，各级财政补助3838.37万元，其中县级财政补助1902.96万元，乡镇财政补助1935.41万元。各级财政补助人均20余元，农民人均缴费30余元。全市累计实际理赔117317件，补偿医药费1.77亿元，补偿参保人员48.8万人次，赔付率83％。至2006年，全市累计实际筹资4.2亿元，完成理赔23.4万件，补助参保农民3.3亿元。

民营医院 随着医疗体制改革深入，民营医疗机构应运而生。1993年，温岭部分乡镇卫生院转换体制，产权重组。1995年8月，温岭石粘骨伤科医院成立开诊，为全市第一家股份制民营医院。至2003年，吸收民间资金1.42亿元，民营医院总建筑面积10万平方米。民营医院有温岭华信医院、路桥广济医院、温岭大溪东方医院、路桥博爱医院、温岭腾华医院、路桥珠光医院、路桥理森皮肤病医院、黄岩皮肤病医院、椒江安民脊柱医院等13家，设床位985张，医务人员709人，其中高级职称68人，中级职称76人。股份制民营医院以个人合股为主，采取不同办医形式：路桥珠光医院与当地洪洋村及珠光集团联合办医；温岭大溪东方医院与温岭市房管处股份合作，并与上海华山医院联合办医；台州博爱医院由众多职工出资组合而成。路桥博爱医院以治疗股骨头坏死见长，温岭石粘骨伤科医院擅长显微外科治疗，温岭大溪东方医院擅长脑外科，椒江安民脊柱病专科医院擅长推拿治疗腰椎间盘突出症。2004年已建和在建民营医院17家，2005年25家，其中已建22家、待建在建3家，共设床位1639张，民间投资累计2.8亿元。2006年，台州骨伤医院（原温岭石粘骨伤医院）通过省二级甲等中医骨伤专科医院评审，台州市博爱医院（原路桥博爱医院）通过省二级乙等综合性医院评审；台州曙光医院（原路桥珠光医院）、台州市博爱医院被确定为台州市120急救分站。